shokai より

USBデバイス関係の事はAndroidManifestに書かなくて良いです。
この記事に書いてあるのはデバイスを刺した事を認識してアプリを起動させるManifest設定で、
デバイスからの起動ではなく普通にアプリアイコンから起動してもJava部分だけでUSB通信できます。

逆にNFCタグはIntentによるアプリ起動からでしか読み取れません。
つまりNFCタグタッチ→Intentを受信→（アプリ起動する）→JavaでIntentをparseしNTFタグのIDmを読む→JavaでUSBデバイスと通信
という流れになります。

AndroidManifest.xmlはNFCタグのやつでいいです。
まずはノーマルなAndroidManifestでUSBデバイスとの通信を試してみるところからやると良いと思います。